По одной из версий за глинобитными стенами находился храмовый комплекс. Другие исследователи придерживаются точки зрения, что в этом месте находились военные казармы и крепость, которая была возведена для защиты границ по приказу правителя Бояна-чора, возглавлявшего в VIII веке.

В 2007—2008 годах на территории острова проходили археологические раскопки, которые позволили более точно определить время создания этого исторического памятника — 70-е годы VIII века. Исследователи выяснили, когда были срублены деревья, которые использовались для укрепления стен и хорошо сохранились до наших времен. Это помогло опровергнуть версию о том, что постройка появилась во времена Бояна-чора: к тому моменту он уже умер и место правителя занял его сын Бёгю-каган. В отличие от своего отца, который был язычником, Бёгю-каган принял манихейство — религию, которая вобрала в себя черты иудаизма, христианства и буддизма. Это позволяет сделать предположение, что посреди озера Тере-Холь был возведен манихейский храм. 

Однако в ходе раскопок удалось выяснить не только время появления постройки. Археологи обнаружили, что сооружение никогда не использовалось. «Не было найдено ни одного очага или иного приспособления для обогрева, без которого не выжить в 40-градусные зимние морозы», — рассказывают геоморфолог Андрей Панин и заведующая Центром археологии Евразии Ирина Аржанцева в статье, опубликованной в журнале «Живописная Россия».

Поэтому родилась еще одна гипотеза о предназначении «глиняного дома». Дело в том, что жена Бояна-чора была китайской принцессой. Исследователи предполагают, что после смерти мужа она решила воздвигнуть мемориальный комплекс в средневековой китайской традиции. По словам исследователей, обычай устраивать захоронения в живописных местах, в горах или на берегу водоемов, упоминается еще в письменных источниках эпохи Тан. Но в ходе раскопок могилу Бояна-чора обнаружить не удалось, поэтому в попытках выяснить, что же находилось на территории острова, археологи решили опираться на время его возникновения.

В 779 году Бёгю-каган вместе с более чем двумя тысячами представителей знати был убит в ходе антиманихейского переворота. Если храм на острове был построен в 770-х годах, то убитые монахи просто не успели в нем осесть, что объясняет, почему сооружение никогда не использовалось. Однако с уверенностью говорить о происхождении загадочного памятника нельзя. «Сходство со столицей государства может указывать на то, что это не просто монастырь, а царский храмовый комплекс, задуманный с функциями более широкими, чем только сакральные», — объясняют исследователи.