В 2009 г. Институт истории и этнологии им. Ч.Ч. Валиханова КН МОН РК продолжил исследования в рамках научной программы прикладных исследований «Национальная идея в исторической ретроспективе и перспективе Казахстана» (2007 - 2009 гг.).
Исходя из плановых заданий на 2007-2009 гг. сотрудники Института проводили исследования по следующим приоритетным направлениям:
- изучение истории формирования и эволюции национальной идеи на территории Казахстана в древний и средневековый периоды.;
- исследования национальной идеи в период борьбы с джунгарами, а также в колониальную эпоху. Локализация проявления национальной идеи в   традиционной и интеллектуальной сферах  казахского общества в условиях широкой колонизации Казахстана. Ограничения властей в деятельности традиционных   и интеллектуальных слоев общества  и репрессии против них;
- патшалық Ресейдің көші-қондық саясатының халық саны мен ұлттық құрамға әсерін зерделеу; кеңестік биліктің қоныс аудару саясатының ерекшеліктерін және халықтың жалпы санына, механикалық өсім деңгейін айқындау; қазіргі кезеңдегі көші-қондық процестердің ұлттық құрамға және халық санына әсерін көрсету; оралмандар мәселесін саралау.
- исследование эволюции национальной идеи в культуре Казахстана с древнейших времен до современности. Рассмотрены проблемы мусульманского образования, выявлены причины смены  алфавита. Была прослежена эволюция социально-политической мысли в динамике национальных отношений во второй половине прошлого столетия в Казахстане.
- проект направлен на реализацию государственной стратегии формирования единого образовательного пространства и реализации проектов по интеграции современных  информационных технологий в науку и образование. Реализация проекта включает разработку механизмов интеграции казахстанской образовательной системы и фундаментальной казахстанской науки (в частности, исторической) в систему координат информационного поля передовой гуманитарной науки ХХ-XXI веков.
- изучить формирование этнической идентичности казахского народа, занявшее в общей сложности более сорока веков, включает не только все виды важнейших элементов духовной и материальной культуры, но и историю сложения его антропологической общности, что в целом должно послужить этноантропологической основой для выработки единой национальной идеи, с которой наш народ будет способен успешно развиваться в перспективе, являясь генетическим преемником своих древних предков и продолжателем тысячелетних этнокультурных традиций и ценностей.
Приоритетность направлений определяется, прежде всего, изменениями в сфере гуманитарных наук в Республике Казахстан. Многие вопросы и проблемы исторической науки подвергаются переосмыслению. Одним из важных направлении государственной политики становится формирование «национальной идеи», как одного из важнейших факторов сложения государства, его основы, сплочения нации. С обретением независимости растёт общественный интерес к историческому прошлому Отечества, его настоящего и будущего развития. Все эти важные вопросы, с точки зрения укрепления унитарного государства, и призвана решать данная программа.
Научная новизна и перспективность исследования заключается: в создании объемного исследования по изучению «национальной идеи» в историческом измерении. Полноценность и многофункциональность исследованию придают научные разработки по антропологии и исторической демографии Казахстана. Выявление и сравнение палеоантропологических (этно-одонтологических) особенностей древнего, средневекового и современного Казахстана и изучение традиционной этнической культуры на фоне этнокультурных и этносоциальных процессов в ХХ в. создаст перспективу обоснования преемственности «национальной идеи» в истории Казахстана.
Программа прикладных исследований «Национальная идея в исторической ретроспективе и перспективе Казахстана» на 2007 - 2009 гг. включает в себя 6 разделов:

1.1. «Политические лидеры древнего и средневекового Казахстана - носители национальной идеи».
Научный руководитель - д.и.н., проф. Кинаятулы З.

1.2. «Коллективный и индивидуальный опыт развития национальной идеи на историческом пространстве Казахстана в XVIII - нач. XX вв.)».
Научный руководитель - к.и.н., доц. Валиханов Э.Ж.

1.3. «Қазақстандағы көші-қондық процестер және ұлттық мүдде XIX ғ. екінші жартысы - XXI ғ. бас кезі».
Научный руководитель - к.и.н., доц. Рустемов С.К.

1.4. «Национальная идея в культуре Казахстана».
Научный руководитель - д.и.н., доц. Капаева А.Т.

1.5. «Библиотека рефератов зарубежной литературы по истории этногенеза в Центральной Азии».
Научный руководитель - к.и.н., доц. Сужиков Б.М.

1.6. «Некоторые антропологические аспекты формирования национальной идеи Казахстана».
Научный руководитель - д.и.н., проф., акад. НАН РК, член-корр. Болонской АН Исмагулов О.И